因在解剖学和胚胎学证实，在无脊椎动物和脊椎动物之间，存在一个过渡类型—头索动物，但由于头索动物还未出现坚硬的骨骼，不易保存为化石，无法从地层中找到证据。而文昌鱼是头索动物的典型代表，因此文昌鱼的存在被视为研究鱼类起源和无脊椎动物进化的活的证据，即“活化石”。

文昌鱼对生活环境的要求十分严格和苛刻，多栖息于海水透明度较高、水质洁净、流缓且畅通、水温较稳定、且有一定的酸碱度和盐度、并有一定淡水注入、以贝砂混合疏松底质的浅海区。