苍蝇的天敌可分为捕食性天敌、寄生天敌、微生物天敌。

1、捕食性天敌：包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、蚂蚁、蜥蜴、壁虎、食虫虻和鸟类等。鸡粪是家蝇和厩蝇的滋生地，但其中常存在生性凶残的巨螯螨和蠼螋，会捕食粪类小的蝇卵和蝇蛆。

2、寄生天敌：如姬蜂、小蜂等寄生蜂类，它们往往将卵产在蝇蛆或蛹体内，孵出幼虫后便取食蝇蛆和蝇蛹。有人发现，在春季挖出的麻蝇蛹体内，60.4％被寄生蜂侵害而夭亡。

3、微生物天敌：日本学者发现森田芽孢杆菌可以抑制苍蝇滋生，中国学者也发现“蝇单枝虫真菌”孢子如落到苍蝇身上，会使苍蝇感染单枝虫真菌。