1、生活习惯不同：壁虎在温暖的丛林、沙漠都有分布，温度低于11摄氏度很难存活。马蛇子又称蜥蜴，生活于地下、地表或高大的植被中。

2、食性不同：壁虎在灯光照射的墙壁上、屋檐下或电杆上，捕食蚊、蝇、飞蛾、蜘蛛等。蜥蜴以昆虫、蚯蚓、蜗牛，甚至老鼠为食，也有以仙人掌或海藻为主食。

3、外形不同：壁虎体背腹扁平，身上有粒鳞或杂有疣鳞，指、趾端扩展，下方形成皮肤褶襞，密布腺毛，有粘附能力，可在墙壁、天花板或光滑的平面上迅速爬行。蜥蜴身体多细长，具长尾，多具4肢，除鼻孔、口、眼及泄殖腔开口外，体表覆以鳞片，一对眼睛和一对耳孔，如无外耳孔，则鼓膜位于表面，有些种于头和体鳞下真皮内有骨鳞，表面覆以一层角蛋白。